Schiffskapitän*innen sind verantwortlich für den gesamten Schiffsbetrieb eines Binnen- oder Hochseeschiffes. Sie planen und organisieren alle an Bord anfallenden Arbeiten. Zu ihren Aufgaben gehört, das Schiff zu navigieren und manövrieren, die technischen Ausrüstungen, die Sicherheitseinrichtungen und die Ladeeinrichtungen instand zu halten sowie zu kontrollieren und die Arbeitskräfte an Bord einzuteilen und zu überwachen. Auch beim Be- und Entladen eines Schiffes arbeiten sie in der Organisation und Koordination mit. Sie sind Vorgesetzte der Besatzung sowie gegebenenfalls Vertreter*in der Schiffseigner*in.
Die Hauptaufgabe von Schiffskapitän*innen ist das Navigieren und Manövrieren des Schiffes. Sie bedienen und überwachen nautische und technische Einrichtungen und setzen Navigationsmittel wie Funk, Satellitenfunk oder Radar ein. Für die sichere Steuerung von Schiffen benötigen sie gute Kenntnisse über den Streckenverlauf und das Fahrwasser (z. B. Wasserstand, Untiefen) der Wasserstraße. Bei besonders schwierigen Streckenabschnitten werden Schiffslotsen zu Hilfe gezogen.
Schiffskapitän*innen kennen die einschlägigen Schifffahrtsgesetze und setzen während der Fahrt optische und akustische Signale ein. Sie führen An- und Ablegmanöver durch und stellen Schiffe zu größeren Schubverbänden zusammen. Schiffskapitän*innen sorgen weiters für die regelmäßige Wartung des Schiffes und veranlassen gegebenenfalls die nötigen Reparaturarbeiten.