Lebensmittelaufsichtsorgane besuchen in regelmäßigen Abständen Betriebe, in denen Lebensmittel, Genussmittel, Kosmetika oder auch Spielzeug für Kleinkinder hergestellt, behandelt oder verkauft werden. Dazu gehören z. B. Einzelhandelsgeschäfte, Lagerhäuser des Großhandels oder Fabrikationsräume, Fleischabteilungen in Supermärkten, Marktstände, Betriebe der Gemeinschaftsverpflegung und Gaststätten. Außerdem prüfen sie beispielsweise die Trinkwasserqualität oder kontrollieren Rückholaktionen im Handel.
Lebensmittelaufsichtsorgane überprüfen die Einhaltung rechtlicher Bestimmungen und Hygiene- und Sicherheitsvorschriften. Sie führen im Bäckereien, Fleischereien, Gastronomiebetrieben, Kantinen, Heimen usw. Sichtkontrollen durch, kontrollieren, ob z. B. Mindesthaltbarkeitsdaten von Produkten nicht überschritten werden oder sie prüfen mit Geruchs- und Geschmackstests die Frische von Lebensmitteln. Die Lagerbedingungen werden von ihnen ebenso überprüft wie Arbeitsabläufe mit verderblichen Lebensmitteln. Von diversen Produkten entnehmen sie Proben, die anschließend an Lebensmitteluntersuchungsanstalten untersucht werden.
Immer wichtiger wird es, Lebensmittelkontaktmaterialien wie Kunststoffverpackungen zu prüfen und die Qualitätskontrolle bei Bio-Lebensmitteln.
Wenn Vorschriften nicht eingehalten werden, klären sie die Mitarbeiter*innen der besuchten Betriebe auf, informieren auch über neue Bestimmungen und beraten sie, wie die Vorschriften eingehalten werden können. Erforderlichenfalls werden Ermahnungen erteilt und Strafen und Anzeigen veranlasst. Im Innendienst werten sie die Proben gemeinsam mit Fachkräften (z. B. Lebensmitteltechniker*in, Chemiker*in, Labortechnik (Modullehrberuf)) aus und dokumentieren die Ergebnisse.